Maintien des primes en arrêt maladie : IFSE, CIA et NBI

Votre IFSE baisse ou disparaît pendant un arrêt maladie ? En maladie ordinaire, longue maladie ou longue durée, aucun texte national ne garantit le maintien de l’IFSE et des primes votées. C’est la délibération de votre collectivité qui décide, dans une limite fixée par les règles de l’État. Cette règle a des exceptions : les congés liés à la naissance, par exemple. D’autres sommes ne dépendent pas d’elle : le jour de carence, la NBI, le supplément familial, l’indemnité de résidence. Cette page explique qui décide, ce qui change selon votre congé et quoi vérifier sur votre bulletin.

Les chiffres de cette page sont ceux du 7 octobre 2026. Le vérificateur de paie de ce site lit les lignes d’arrêt de votre bulletin. Il ne dit pas si vos primes devaient être maintenues, car cela dépend de votre délibération.

Qui décide du maintien de mes primes ?

La délibération est la décision votée par les élus de votre collectivité. Elle dit si l’IFSE et les primes votées sont maintenues, réduites ou suspendues. Cela vaut en congé de maladie ordinaire, de longue maladie et de longue durée. L’IFSE est la prime liée à votre poste. Le CIA est la prime annuelle liée à votre engagement professionnel.

Pour les primes concernées par cette limite, votre collectivité ne peut pas faire mieux que l’État. C’est le principe de parité. Les règles de l’État sont dans un décret de 2010. Il ne s’applique pas directement à vous : il sert de limite à votre collectivité.

Le Conseil d’État l’a rappelé en 2021. Il a validé l’annulation d’une délibération maintenant toute l’IFSE en longue maladie et en longue durée. À l’époque, l’État ne maintenait rien.

Si la délibération ne dit rien sur les arrêts, le maintien de vos primes n’est pas garanti. Un délégué FSU peut regarder votre délibération avec vous.

Une délibération qui prévoit plus que cette limite doit être mise à jour par la collectivité.

Cette limite ne joue pas pour la police municipale, les gardes champêtres et les sapeurs-pompiers professionnels. Selon l’administration, un maintien entier reste possible.

Et mon traitement pendant l’arrêt ?

Le traitement est le sujet de la page perte de salaire en arrêt maladie. En voici le rappel, pour un fonctionnaire en congé de maladie ordinaire. Vous touchez 90 % du traitement pendant trois mois, puis la moitié pendant neuf mois. Ces durées se comptent sur douze mois consécutifs, arrêts précédents compris. C’est la règle des congés accordés depuis le 1er mars 2025.

La page sur la perte de salaire détaille les durées et la fin des droits. Elle traite aussi les contractuels et les emplois de moins de 28 heures. Elle propose un simulateur. Saisissez le traitement, les primes et les dates. Choisissez ensuite « les primes suivent le traitement » ou « les primes sont supprimées ». Il travaille en net, alors que l’exemple d’Élodie ci-dessous utilise des montants bruts.

Que deviennent mes primes selon ma situation ?

Ce tableau vaut pour un fonctionnaire. Il donne le plus qu’une collectivité puisse prévoir : elle peut prévoir moins. Les taux valent pour l’IFSE et les primes votées. Le CIA a ses règles plus bas.

Situation	Ce que deviennent les primes	Qui décide
Maladie ordinaire	Au plus 90 % les trois premiers mois, puis au plus 50 % les neuf mois suivants (congés accordés depuis le 1er mars 2025)	La délibération, dans la limite de l’État
Longue maladie	Au plus 33 % la première année, puis au plus 60 % les deux années suivantes (rémunérations dues depuis le 1er septembre 2024)	La délibération, dans la limite de l’État
Longue durée	À l’État, les primes liées aux fonctions, dont l’IFSE, ne sont plus versées. La collectivité ne peut pas les maintenir, sauf si le congé est dû à un accident ou à une maladie imputable au service	L’État, donc la collectivité aussi
Accident de service, accident de trajet, maladie professionnelle	Maintien intégral possible. Si la collectivité le prévoit pour l’accident de service, elle doit le prévoir aussi pour la maladie professionnelle	La délibération
Temps partiel thérapeutique	À l’État, primes maintenues comme le traitement, donc en entier. Dans la territoriale, elles sont maintenues en totalité ou non selon la délibération	La délibération
Préparation au reclassement	À l’État, primes maintenues comme le traitement. Dans la territoriale, le texte garantit le traitement, l’indemnité de résidence et le supplément familial. Il garantit aussi le complément de traitement indiciaire aux bénéficiaires. Les primes dépendent de la délibération	La délibération
Maternité, naissance, adoption, paternité, accueil de l’enfant	Maintenues dans les mêmes proportions que le traitement	La loi
Congé supplémentaire de naissance	70 % puis 60 %, comme le traitement	La loi
Jour de carence, lorsque l’arrêt y est soumis	Un trentième des primes mensuelles concernées est retiré. Certaines sommes y échappent, dont le CIA	La loi

En maladie ordinaire, une collectivité ne peut donc pas voter plus de 90 % les trois premiers mois. Dans la longue maladie, votre collectivité peut prévoir jusqu’à 33 % la première année, puis 60 % les deux suivantes. Ce sont des plafonds, pas des sommes que vous percevez d’office.

Pour les congés liés à la naissance et à l’adoption, la loi s’applique directement. La délibération n’a pas à le prévoir. Le détail est sur la page congé de maternité, de paternité et d’adoption. Les autres congés ont aussi leur page : longue maladie, temps partiel thérapeutique, accident de service et maladie professionnelle.

Le jour de carence retire-t-il mes primes ?

Oui. Le premier jour d’un congé de maladie n’est pas payé : ni le traitement, ni les primes, ni l’indemnité de résidence, ni la NBI. C’est la loi. Aucune délibération ne peut y déroger. La retenue sur les primes est d’un trentième des primes du mois.

D’après service-public, certaines sommes restent versées ce jour-là : supplément familial, remboursements de frais et quelques autres sommes. La part des primes modulée selon la manière de servir, dont le CIA, reste aussi versée. Cette liste ne figure pas dans la loi. Elle vient d’une circulaire de 2018, reprise par service-public.

Plusieurs situations n’ont pas de jour de carence : longue maladie, longue durée, accident de service et maladie professionnelle. La liste complète est sur la page jour de carence. La FSU demande la suppression du jour de carence et de la baisse à 90 %.

Un exemple chiffré : Élodie

Élodie est adjointe administrative territoriale principale de 2e classe, dans une commune fictive. Elle est fonctionnaire à temps complet, affiliée à la CNRACL (sa caisse de retraite), à l’indice majoré 380. Son IFSE est de 2 400 euros par an, soit 200,00 euros bruts par mois. Elle n’a ni NBI, ni indemnité de résidence, ni supplément familial. Le mois d’octobre 2026 se compte en 30 trentièmes. Son traitement d’un mois complet est de 1 870,65 euros bruts.

Trois jours d’arrêt, du 12 au 14 octobre

C’est son premier arrêt depuis douze mois. Elle n’est dans aucun des cas sans jour de carence. Le lundi 12 est donc un jour de carence, puis deux jours sont payés à 90 %. Son traitement du mois est de 1 795,82 euros.

La délibération dit	Calcul	IFSE du mois	En moins
Les primes suivent le traitement (le plus que la commune puisse voter)	200 × 27 ÷ 30 + 200 × 2 ÷ 30 × 90 % = 180 + 12	192,00 €	8,00 €
Les primes sont suspendues pendant l’arrêt	200 × 27 ÷ 30	180,00 €	20,00 €

Dans les deux cas, le jour de carence retire un trentième de l’IFSE, soit environ 6,67 euros. La délibération n’y peut rien. Dans le premier cas, s’ajoutent 10 % de deux jours (environ 1,33 euro) : 8,00 euros en tout. Dans le second, s’ajoutent deux jours entiers (environ 13,33 euros) : 20,00 euros en tout.

Et sur un mois entier ?

• Mois entier à 90 %, sans jour de carence (l’arrêt a commencé le mois précédent) : traitement d’environ 1 683,58 euros. L’IFSE est de 180,00 euros si les primes suivent le traitement, de 0 euro si elles sont suspendues. Élodie perd environ 207 euros dans le premier cas, environ 387 euros dans le second.
• Mois entier à demi-traitement (traitement payé à moitié) : traitement d’environ 935,32 euros. L’IFSE est de 100,00 euros si les primes suivent le traitement, de 0 euro si elles sont suspendues.
• Longue maladie, pour comparer : si la délibération reprend les taux de l’État, l’IFSE atteint 66,00 euros par mois la première année. Puis 120,00 euros par mois les deux suivantes. Ce sont des maximums.

Les montants sont à un centime près, selon l’arrondi du logiciel de paie. Aucune règle nationale ne fixe cet arrondi. Le traitement de 1 683,58 euros peut être de 1 683,59 euros, et celui de 935,32 euros de 935,33 euros.

Son CIA de décembre (300 euros) n’est pas touché par la retenue du jour de carence. Pour le reste, c’est la délibération qui dit comment les absences comptent.

Que ne décide pas la délibération : NBI, supplément familial, indemnité de résidence

Ces sommes ne sont pas des primes votées par votre collectivité. Chacune a ses propres règles, fixées par décret ou par la loi. Les exemples chiffrés ci-dessous sont trois hypothèses séparées pour Élodie : ne les additionnez pas.

• La NBI (nouvelle bonification indiciaire) : en maladie ordinaire, elle suit le traitement, sans délibération : 90 % puis 50 %. Elle n’est pas versée le jour de carence. En longue maladie, elle reste versée tant que vous n’êtes pas remplacé dans vos fonctions. Elle est entière un an, puis à moitié deux ans. À temps partiel thérapeutique, elle est maintenue en totalité. D’après service-public, elle n’est plus versée pendant un congé de longue durée ni pendant un congé pour accident de service ou maladie professionnelle. Dans ces situations, un délégué FSU peut regarder avec vous. Avec 10 points de NBI, Élodie aurait environ 49,23 euros par mois. À 90 %, elle percevrait environ 44,30 euros, ou 44,31 euros selon l’arrondi. À demi-traitement : environ 24,61 euros.
• Le supplément familial de traitement : il reste versé en entier en maladie ordinaire, en longue maladie, en longue durée, à temps partiel thérapeutique et le jour de carence. Avec un supplément familial, Élodie ne verrait aucun changement, jour de carence compris.
• L’indemnité de résidence : elle reste versée en entier en maladie ordinaire, en longue maladie, en longue durée, à temps partiel thérapeutique et en congé pour accident de service. Elle n’est pas versée le jour de carence. Avec une indemnité de résidence à 1 %, soit 18,70 euros par mois, Élodie garderait 18,70 euros, sauf le jour de carence (0,62 euro retiré).
• L’indemnité compensatrice de la CSG et le complément de traitement indiciaire (pour les agents qui le perçoivent) : ils baissent comme le traitement.

Et mon CIA, mes heures supplémentaires, ma prime de fin d’année ?

Pour le CIA, la délibération dit comment les absences comptent. Il peut rester modulé selon la manière de servir, même quand les primes sont maintenues. Le maintien ne garantit donc pas un montant de CIA. Nous n’avons pas trouvé de formule nationale pour le CIA annuel d’un agent qui a été en arrêt.

Il y a pourtant des limites. Une cour administrative d’appel a annulé en 2026 une exclusion automatique du CIA fondée sur les jours de maladie. Cette règle ignorait l’engagement et la manière de servir des agents. Le maintien ne permet pas de réduire le CIA automatiquement pour cause de maladie. Voir la page CIA.

Les heures supplémentaires ne sont pas payées pour les jours d’arrêt. Celles faites avant l’arrêt restent payées.

Certaines primes liées aux contraintes du poste (les sujétions) peuvent être suspendues dès que vous êtes remplacé dans vos fonctions, si leur texte le prévoit.

Certaines collectivités versent une prime de fin d’année plus ancienne. Elle suit ses propres règles : demandez-les à votre service des ressources humaines.

Mon arrêt devient une longue maladie ou une longue durée : que deviennent mes primes ?

À l’État, les primes versées en maladie ordinaire restent acquises si ce congé devient une longue maladie ou une longue durée. La règle suppose que la demande ait été faite pendant le congé de maladie. Ces primes ne se cumulent pas avec celles dues au titre de la longue maladie pour la même période.

À l’État, cette protection existe aussi après une longue maladie payée à plein traitement, suivie d’une longue durée. L’agent garde les primes déjà versées.

Votre collectivité peut reprendre cette règle dans sa délibération : vérifiez si elle y figure.

Le congé de longue maladie et le congé de longue durée n’ont pas de jour de carence. Si votre arrêt est transformé en l’un de ces congés, la retenue du jour de carence doit vous être remboursée : vérifiez votre bulletin.

La prévoyance compense-t-elle la baisse des primes ?

Elle peut compenser une partie de la baisse, à certaines conditions. La prévoyance est un contrat qui complète votre revenu en cas d’arrêt long ou d’invalidité. Pour un contrat qui y ouvre droit, l’employeur territorial verse au moins 7 euros par mois depuis le 1er janvier 2025. Une loi de décembre 2025 prévoit que, d’ici 2029, votre employeur paiera au moins la moitié de la cotisation de prévoyance. D’ici là, le minimum reste 7 euros par mois.

Pour un fonctionnaire affilié à la CNRACL, le contrat garantit au minimum un revenu net. Il correspond à 90 % du traitement et de la NBI nets, et à 40 % des primes nettes. On déduit ce que l’employeur verse déjà. Ces garanties ne jouent qu’à partir du passage à demi-traitement, pas pendant les trois mois à 90 %.

Pour les fonctionnaires de moins de 28 heures en général et les contractuels, les proportions sont les mêmes. On déduit aussi les indemnités journalières de la sécurité sociale. Un contractuel n’a pas de NBI : c’est 90 % du traitement et 40 % des primes.

Un contrat peut prévoir mieux que ce minimum. Ce minimum est un niveau de revenu garanti après déductions, pas une somme versée en plus dans tous les cas. Son montant réel dépend de votre contrat. Voir les pages protection sociale complémentaire et cotisations du bulletin de paie.

Temps partiel, moins de 28 heures, contractuel : qu’est-ce qui change ?

• Temps partiel demandé par vous : vos primes sont déjà réduites comme le traitement (6/7 à 80 %, 32/35 à 90 %). L’arrêt s’applique ensuite à ce montant réduit. Exemple : l’IFSE d’Élodie à 80 % est de 171,43 euros. Un mois entier à 90 %, avec des primes qui suivent le traitement, donne environ 154,29 euros (154,28 euros si le logiciel coupe au centime). Le temps partiel thérapeutique n’est pas ce temps partiel.
• Emploi à temps non complet : même logique, sur le montant de l’emploi.
• Fonctionnaire sur un emploi de moins de 28 heures, en général : le traitement en maladie ordinaire est versé aux mêmes taux, 90 % puis 50 %. Il relève du congé de grave maladie, plutôt que de la longue maladie ou de la longue durée. Traitement entier douze mois, puis à moitié vingt-quatre mois. Les indemnités journalières de la sécurité sociale viennent en déduction. Ses primes dépendent de la délibération, comme pour les autres fonctionnaires.
• Contractuel : ses primes sont versées ou non selon les règles définies par la délibération, à condition qu’elle ouvre les primes aux contractuels. À l’État, les primes d’un contractuel suivent le traitement en maladie. En grave maladie : 33 %, puis 60 %. Ces règles limitent la délibération territoriale.
• Contractuel à temps partiel thérapeutique : la rémunération, primes comprises, est réduite et complétée par des indemnités journalières.
• Arrêt qui commence ou finit en cours de mois : le mois se compte en trentièmes, jours d’arrêt d’un côté, jours travaillés de l’autre. Les trois mois à 90 % se comptent sur douze mois : un arrêt plus ancien peut vous faire passer plus vite à la moitié.
• Arrêt envoyé en retard : un arrêt envoyé en retard une seconde fois peut réduire de moitié le traitement et les primes des jours concernés. Voir l’article sur les nouvelles règles d’arrêt maladie.

Pour les durées de congé des contractuels et des fonctionnaires de moins de 28 heures, lisez la page perte de salaire en arrêt maladie.

Que vérifier sur mon bulletin et ma délibération ?

1. Votre délibération. Cherchez ce qu’elle dit pour la maladie ordinaire, la longue maladie, la longue durée, l’accident de service et le temps partiel thérapeutique. Demandez-la au service des ressources humaines si vous ne l’avez pas.
2. La retenue du jour de carence. Vérifiez la retenue d’un trentième sur les primes concernées. Certaines sommes y échappent, dont le CIA.
3. Vos jours à 90 % et à 50 %. Vos primes doivent respecter la limite de l’État et ce que dit votre délibération.
4. La NBI, le supplément familial et l’indemnité de résidence. Comparez-les aux règles ci-dessus.
5. Après une transformation en longue maladie ou en longue durée. Vérifiez le remboursement du jour de carence.

Le vérificateur de paie lit les lignes d’arrêt de votre bulletin et dit sur quelle base la retenue du jour de carence a été calculée.

Un doute sur mes primes : que faire ?

Demandez votre délibération et votre décision individuelle au service des ressources humaines. Comparez-les à votre bulletin et à cette page. Les démarches de recours sont expliquées sur la page régime de primes (RIFSEEP).

Un délégué FSU peut regarder avec vous votre bulletin et votre délibération. Contactez la FSU Territoriale du Pas-de-Calais ou adhérez pour être accompagné.

Questions fréquentes

Mon employeur peut-il maintenir mes primes à 100 % en arrêt maladie ?

En maladie ordinaire, la limite est de 90 % les trois premiers mois, pour les congés accordés depuis le 1er mars 2025. Elle ne joue pas pour la police municipale, les gardes champêtres et les sapeurs-pompiers professionnels. En accident de service et en maladie professionnelle, le maintien intégral est possible.

Mon IFSE baisse pendant mon arrêt : est-ce normal ?

Cela dépend de votre délibération. Elle peut maintenir l’IFSE, la réduire comme le traitement ou la suspendre, dans la limite de l’État. Si votre arrêt comporte un jour de carence, un trentième de l’IFSE mensuelle est retiré.

La NBI est-elle maintenue en arrêt maladie ?

En maladie ordinaire, elle suit le traitement : 90 % puis 50 %. Elle n’est pas versée le jour de carence. Les autres congés ont des règles propres, détaillées plus haut.

Le jour de carence retire-t-il mon CIA ?

Non. La part des primes modulée selon la manière de servir reste versée ce jour-là, d’après service-public. La délibération dit ensuite comment les absences comptent pour le CIA annuel.

Les textes de référence

• Code général de la fonction publique, régimes indemnitaires : L. 714-4 (parité), L. 714-6 (congés liés à la naissance et à l’adoption), L. 714-11 (avantages acquis). Article L. 714-5 pour les deux parts du RIFSEEP.
• Même code, congés pour raison de santé, articles L. 822-1 à L. 822-30, dont L. 822-3 (maladie ordinaire). Article L. 823-4 (temps partiel thérapeutique).
• Décret n° 2010-997 du 26 août 2010 : maintien des primes des agents de l’État, articles 1er, 2 et 2-1.
• Loi n° 2017-1837 du 30 décembre 2017, article 115 : jour de carence.
• Décret n° 93-863 du 18 juin 1993, article 2 : NBI.
• Décret n° 87-602 du 30 juillet 1987 : congés de maladie des fonctionnaires territoriaux, notamment articles 15, 27 et 37-13.
• Décret n° 88-145 du 15 février 1988 : agents contractuels, articles 7, 8, 10 et 12.
• Décret n° 91-298 du 20 mars 1991 : fonctionnaires à temps non complet, articles 35, 36 et 38.
• Décret n° 85-1054 du 30 septembre 1985, article 2-1 : reclassement.
• Décret n° 2022-581 du 20 avril 2022 : mutuelle et prévoyance, articles 1er à 4. Loi n° 2025-1251 du 22 décembre 2025, articles 3 et 6.
• Décret n° 2020-1152 du 19 septembre 2020, article 15 : complément de traitement indiciaire. Décret n° 2017-1889, article 4 : indemnité compensatrice de la CSG.
• Conseil d’État, 22 novembre 2021, n° 448779. Conseil d’État, 4 juillet 2024, n° 462452.
• Circulaire du 15 février 2018 sur le jour de carence.
• Direction générale des collectivités locales : fiche du 25 juin 2025 sur le maintien du régime indemnitaire en congé de maladie ordinaire.
• service-public.gouv.fr, fiches F490 (congé de maladie), F491 (contractuel), F13861 (jour de carence), F18089 (longue maladie), F18098 (longue durée), F12788 (temps partiel thérapeutique).